Obsah stránky

Aktuálně z laboratoře

Vítejte v Laboratoři nádorové biologie a imunoterapie na Lékařské fakultě Univerzity Karlovy. Pod vedením Dr. Moniky Holubové, Ph.D., se naše laboratoř etablovala jako centrum analýzy na úrovni jednotlivých buněk a výzkumu imunoterapie rakoviny.

Náš výzkum

Rakovina je jednou z nejčastějších příčin úmrtí na světě. V průběhu posledních desetiletí přinesl výzkum v onkologické oblasti nové léky jako jsou specifické molekulární inhibitory a imunoterapie pozitivně ovlivňující výsledky pacientů. Navzdory tomuto velkému pokroku však mnoho pacientů stále umírá v přímém důsledku onkologického onemocnění, a proto se stále hledají nové biomarkery a terapie pro zlepšení jejich přežití.

Laboratoř nádorové biologie a imunoterapie studuje nádorová onemocnění (zejména hematologické malignity) s cílem identifikovat potenciální biomarkery pro zlepšení detekce onemocnění, predikce a prognózy a identifikace procesů a interakcí, které by mohly pomoci vyvinout nebo zlepšit imunoterapii těchto onemocnění.

V současné době se zaměřujeme na:

  • Vývoj a testování imunoterapií především pro hematologické malignity (buněčná terapie včetně CAR)
  • Nádorové mikroprostředí se zaměřením na imunitní buňky a mezenchymální kmenové buňky
  • Analýzu jednotlivých buněk nádorů a imunitních buněk u hematologických malignit
  • Tekuté biopsie se zaměřením na bezbunečnou RNA v plazmě
  • Heterogenitu nádorových buněk

Mezinárodní působení

Dr. Holubová je zakladatelkou a vedoucí Konsorcia pro výzkum a terapii iNKT buněk (CiRT), mezinárodní koalice výzkumníků zaměřených na rozvoj technologií založených na iNKT buňkách. Konsorcium sdružuje lékaře a vědce z celého světa se třemi hlavními cíli:

  • Urychlení přenosu základního výzkumu iNKT imunobiologie do klinické praxe
  • Zvyšování povědomí o vývoji a úspěších v oblasti iNKT
  • Budování silné komunity zastánců buněčných terapií založených na iNKT buňkách

Tato mezinárodní síť se zaměřuje na vývoj nových buněčných a genových terapií pro zlepšení výsledků v oblastech:

  • Léčba rakoviny
  • Transplantace orgánů a kostní dřeně
  • Infekční onemocnění
  • Autoimunitní onemocnění

Mezinárodní spolupráce

  • Dr. Valentina Caputo – Fakulta aplikovaných věd, London South Bank University, Velká Británie
  • doc. Iros Barozzi – Institut pro výzkum rakoviny, Lékařská univerzita Vídeň, Rakousko
  • doc. Aleksander Jankowski – Institut informatiky, Varšavská univerzita, Polsko
  • Dr. Christian Schmidl – LIT – Leibnizův institut pro imunoterapii, Univerzitní nemocnice Regensburg, Německo

Domácí spolupráce

  • Hematologicko-onkologické oddělení, Fakultní nemocnice Plzeň
  • Nové technologie pro informační společnost (NTIS), Západočeská univerzita v Plzni
  • Český národní registr dárců dřeně, Plzeň
  • I. interní klinika, Fakultní nemocnice Plzeň
  • SOTIO a.s., Praha

Vzdělávání

Naše laboratoř se aktivně podílí na mezinárodním vědeckém vzdělávání, přičemž ve spolupráci s Výzkumným centrem NTIS spolupořádá prestižní Letní školu analýzy na úrovni jednotlivých buněk (Summer School of Single Cell). Tato bienální událost spojuje vědce a výzkumníky z celého světa a etabluje Plzeň jako uznávané centrum pro výzkum analýzy jednotlivých buněk.

Náš tým

  • Mgr. Monika Holubová, Ph.D. – vedoucí laboratoře (imunoterapie, průtoková cytometrie)
    holubovam@fnplzen.cz, 377 104 645
  • MUDr. Miroslava Čedíková, Ph.D. – postdok (supervizor pregraduálních studentů, imunoterapie)
    miroslava.cedikova@lfp.cuni.cz, 377 593 320
  • Mgr. Pavel Ostašov, Ph.D. – senior researcher (sekvenování, tekuté biopsie)
    pavel.ostasov@lfp.cuni.cz, 377 593 845
  • Assoc. professor Antonia Rotolo – consultant (supervisor pro immunoterapii) Antonia.Rotolo@pennmedicine.upenn.edu
  • Mgr. Jana Skálová – laboratorní asistent (laboratorní management, buněčné kultury)
    jana.skalova2@lfp.cuni.cz, 377 593 842
  • Adéla Makrlíková, DiS. – laboratorní technik
    adela.makrlikova@lfp.cuni.cz

Doktorandi
  • MUDr. Tereza Dekojová: „I study NK cells and iNKTs in multiple myeloma. I characterize these cells by broad immunophenotyping in patients, monitor them after treatment and compare them with healthy donors. I also evaluate the autologous graft composition and its role in autologous transplantation outcome.“
  • MUDr. Lenka Hejretová: „I focus on cellular immunotherapy of GvHD after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation. I am looking for the most effective application and manufacturing protocols of MSC in GVHD treatment. Specifically, I focused on comparing immunomodulatory potential between pooled and single donor MSCs product.Further, I investigate invariant NKT lymphocytes, their reconstitution after aloHSCT and their potential for the production of autologous cell products.“
  • MUDr. Tomáš Kříž: „Mým hlavním zaměřením je studium iNKT buněk v rámci jejich imunorekonstituce po trasplantaci hematopoetických kmenových buněk u pacientů s hematologickými malignitami a jejich potenciál v prevenci/léčbě nemoci štěpu proti hostiteli. Obecněji mě velmi zajímá role iNKT buněk u hematologických malignit a jejich potenciál v rámci imunoterapie těchto chorob.“
  • Mgr. Robin Klieber: „I focus on the research of free circulating long RNAs from the plasma of patients with non-Hodgkin’s lymphomas using next-generation sequencing. The aim is to find new markers for the monitoring of tumor behaviour. I am also interested in single-cell transcriptomics and extracellular vesicles from plasma and conditioned culture media.“
  • Mgr. Diana Macečková: „My research is concerned with epigenetic changes in acute myeloid leukemia, with special focus to alternative splicing. My work is to monitor changes of splice variants during treatment and to evaluate their potential role in chemoresitance using shRNA. The aim is to improve the knowledge about the mechanisms of chemoresistance and to detect new possible targets for specific treatment.“
  • Mgr. Eliška Jandová: „Můj výzkum se specializuje na regulaci genové exprese imunoterapeutických cílů u hematologických malignit. Hlavním záměrem je popsat, jak je exprese u vybraných terapeutických cílů regulovaná a následně otestovat molekuly, které by expresi těchto cílů mohly ovlinit tak, aby cíle, které jsou inhibovány vlivem tlaku terapie, byly znovu exprimovány.“

Externí členové
  • doc. RNDr. Martin Pešta, Ph.D.
  • Ing. et Ing. Jiří Polívka, Ph.D.

Publikace

Publications 2023
  • Holicek P, Truxova I, Rakova J, Salek C, Hensler M, Kovar M, Reinis M, Mikyskova R, Pasulka J, Vosahlikova S, Remesova H, Valentova I, Lysak D, Holubova M, Kaspar P, Prochazka J, Kasikova L, Spisek R, Galluzzi L, Fucikova J. Type I interferon signaling in malignant blasts contributes to treatment efficacy in AML patients. Cell Death Dis. 2023 Mar 24;14(3):209. IF 9.696 https://doi.org/10.1038/s41419-023-05728-w
  • PRAJKA, Lukáš – ČEDÍKOVÁ, Miroslava – PROCHÁZKOVÁ, Anežka – KABÍČKOVÁ, Kateřina – MIKLOVIČOVÁ, Gabriela – GRUNDMANOVÁ, Martina – KUNOVÁ, Magdalena – HUMPLÍK, Jan – BOUDA, Jiří. Subpopulace lymfocytů u pacientek s ovariálním endometriomem a zdravých žen – pilotní studie. Aktuální gynekologie a porodnictví. 2023, 2023(15), 9-15. ISSN 1803-9588.
  • Peterkova K, Vorel J, Ilgova J, Ostasov P, Fajtova P, Konecny L, Chanova M, Kasny M, Horn M, Dvorak J. Proteases and their inhibitors involved in Schistosoma mansoni egg-host interaction revealed by comparative transcriptomics with Fasciola hepatica eggs. Int J Parasitol. 2023 Feb 6:S0020-7519(23)00032-2. https://doi.org/10.1016/j.ijpara.2022.12.007

Publications 2022
  • Hejretová Lenka; Weberová Karolína; Čedíková Miroslava; Lysák Daniel; Jindra Pavel; Holubová Monika. Invariantní NKT buňky a jejich využití pro imunomodulaci GvHD – souhrn literatury a preklinická data. Transfuze a hematologie dnes, 28(3), 164-172.
  • Narayan S, Courcoubetis G, Mason J, Naghdloo A, Kolenčík D, Patterson SD, Kuhn P, Shishido SN. Defining A Liquid Biopsy Profile of Circulating Tumor Cells and Oncosomes in Metastatic Colorectal Cancer for Clinical Utility. Cancers (Basel). 2022 Oct 6;14(19):4891. IF 6.575 https://doi.org/10.3390/cancers14194891
  • Holý P, Hlaváč V, Ostašov P, Brynychová V, Koževnikovová R, Trnková M, Kopečková K, Měšťáková S, Mrhalová M, Souček P. Germline and somatic genetic variability of oxysterol-related genes in breast cancer patients with early disease of the luminal subtype. Biochimie. 2022 Aug;199:158-169. IF 4.372 https://doi.org/10.1016/j.biochi.2022.04.015
  • Kolenčík D, Narayan S, Thiele JA, McKinley D, Gerdtsson AS, Welter L, Hošek P, Ostašov P, Vyčítal O, Brůha J, Fiala O, Šorejs O, Liška V, Pitule P, Kuhn P, Shishido SN. Circulating Tumor Cell Kinetics and Morphology from the Liquid Biopsy Predict Disease Progression in Patients with Metastatic Colorectal Cancer Following Resection. Cancers (Basel). 2022 Jan 27;14(3):642. IF 6.575 https://doi.org/10.3390/cancers14030642

Publications 2021
  • KŘÍŽKOVÁ, Věra – ŠIGUTOVÁ, Pavla – HOLUBOVÁ, Monika – ŠTAMBACHOVÁ, Alena – DOLEJŠOVÁ, Martina – LYSÁK, Daniel – DVOŘÁK, Pavel – VLAS, Tomáš – BUFKA, Jiří – VAŇKOVÁ, Lenka – HRUBÁ, Karolína – NGUYEN, Thu Huyen – MARŠÁLOVÁ, Lucie – BOUŘ, Petr. Blood and Blood Components, Hematopoiesis, Selected Methods Used in Cytology, Histology and Hematology. 1st ed. Prague: Karolinum, 2021. Učební texty Univerzity Karlovy. 89 s. ISBN 978-80-246-4709-8.
  • Pandey S, Tuma Z, Smrhova T, Cedikova M, Macanova T, Chottova Dvorakova M. Laser Capture Microdissection Coupled Capillary Immunoassay to Study the Expression of PCK-2 on Spatially-Resolved Islets of Rat Langerhans. Pharmaceutics. 2021 Jun 15;13(6):883. IF 6.29 https://doi.org/10.3390/pharmaceutics13060883
  • Kladnicka I, Cedikova M, Jedlicka J, Kohoutova M, Muller L, Plavinova I, Kripnerova M, Bludovska M, Kuncova J, Mullerova D. Chronic DDE Exposure Modifies Mitochondrial Respiration during Differentiation of Human Adipose-Derived Mesenchymal Stem Cells into Mature Adipocytes. Biomolecules. 2021 Jul 21;11(8):1068. IF 5.88 https://doi.org/10.3390/biom11081068
  • Lysák D, Hejretová L, Hrabětová M, Jindra P. Should We Stop Collecting the Preoperative Autologous Blood before Bone Marrow Harvest? J Clin Med. 2021 May 14;10(10):2134. IF 4.964 https://doi.org/10.3390/jcm10102134
  • Machuldova, A., Houdova, L., Kratochvilova, K., Leba, M., Jindra, P., Ostasov, P., Maceckova, D., Klieber, R., Gmucova, H., Sramek, J., & Holubova, M. (2021). Single-Nucleotide Polymorphisms in MICA and MICB Genes Could Play a Role in the Outcome in AML Patients after HSCT. Journal of clinical medicine, 10(20), 4636. IF 4.964 https://doi.org/10.3390/jcm10204636
  • Lysak, D., Brychtová, M., Leba, M., Čedíková, M., Georgiev, D., Jindra, P., Vlas, T., & Holubova, M. (2021). Long-Term Cryopreservation Does Not Affect Quality of Peripheral Blood Stem Cell Grafts: A Comparative Study of Native, Short-Term and Long-Term Cryopreserved Haematopoietic Stem Cells. Cell transplantation, 30, 9636897211036004. IF 4.139 https://doi.org/10.1177/09636897211036004
  • Machuldova A, Holubova M, Caputo VS, Cedikova M, Jindra P, Houdova L and Pitule P (2021) Role of Polymorphisms of NKG2D Receptor and Its Ligands in Acute Myeloid Leukemia and Human Stem Cell Transplantation. Front. Immunol. 12:651751. IF 7.97 https://doi.org/10.3389/fimmu.2021.651751
  • Fiala, O., Ostašov, P., Rozsypalová, A., Hora, M., Šorejs, O., Šustr, J., Bendová, B., Trávníček, I., Filipovský, J., Fínek, J., & Büchler, T. (2021). Metformin Use and the Outcome of Metastatic Renal Cell Carcinoma Treated with Sunitinib or Pazopanib. Cancer management and research, 13, 4077–4086. IF 3.46 https://doi.org/10.2147/CMAR.S305321
  • Fiala O, Ostašov P, Rozsypalová A, Hora M, Šorejs O, Šustr J, Bendová B, Trávníček I, Filipovský J, Fínek J, Büchler T. Impact of Concomitant Cardiovascular Medication on Survival of Metastatic Renal Cell Carcinoma Patients Treated with Sunitinib or Pazopanib in the First Line. Target Oncol.2021 Sep;16(5):643-652. IF 4.864 https://doi.org/10.1007/s11523-021-00829-y
  • Navvabi, N., Kolikova, P., Hosek, P., Zitricky, F., Navvabi, A., Vycital, O., Bruha, J., Palek, R., Rosendorf, J., Liska, V., & Pitule, P. (2021). Altered Expression of MBNL Family of Alternative Splicing Factors in Colorectal Cancer. Cancer genomics & proteomics, 18(3), 295–306. IF 3.48 https://doi.org/10.21873/cgp.20260
  • Hlaváč, V., Václavíková, R., Brynychová, V., Ostašov P., Koževnikovová, R., Kopečková, K., Vrána, D., Gatěk, J., & Souček, P. (2021). Role of Genetic Variation in Cytochromes P450 in Breast Cancer Prognosis and Therapy Response. International journal of molecular sciences, 22(6), 2826. IF 6.208 https://doi.org/10.3390/ijms22062826
  • Rakova, J., Truxova, I., Holicek, P., Salek, C., Hensler, M., Kasikova, L., Pasulka, J., Holubova, M., Kovar, M., Lysak, D., Kline, J. P., Racil, Z., Galluzzi, L., Spisek, R., & Fucikova, J. (2021). TIM-3 levels correlate with enhanced NK cell cytotoxicity and improved clinical outcome in AML patients. Oncoimmunology, 10(1), 1889822. IF 7.723 https://doi.org/10.1080/2162402X.2021.1889822
  • Ulrychová, L., Ostašov, P., Chanová, M., Mareš, M., Horn, M., & Dvořák, J. (2021). Spatial expression pattern of serine proteases in the blood fluke Schistosoma mansoni determined by fluorescence RNA in situ hybridization. Parasites & vectors, 14(1), 274. IF 4.047 https://doi.org/10.1186/s13071-021-04773-8

Vybavení a metody

Vybavení:

  • NGS (MiSeq, NextSeq)
  • Sangerovo sekvenování (3500 Genetic Analyzer)
  • qPCR (LightCycler 96 System, CFX96 Touch Real-Time PCR Detection System)
  • Průtoková cytometrie (BD FACSAria Fusion)
  • Mikroskopie (Olympus IX83 s konfokální hlavou Yokogawa CSU W1)
  • Sledování živých buněk (Incucyte Live-Cell Analysis System)
  • Mikroarraye (SureScan Microarray Scanner)

Metody:

  • Zpracování biologických vzorků (kryoprezervace MNC, izolace RNA/DNA, odběr séra/plazmy)
  • Analýza exprese (qPCR a hmotnostní spektrometrie)
  • Klonování a genové manipulace
  • Sekvenování – Sangerovo, NGS
  • Imunofenotypizace – průtoková cytometrie, imunohistochemie
  • Kultivace buněčných linií a primárních buněk